L’organismo umano ospita numerosi microrganismi, tra cui archaea, virus, funghi, protozoi e soprattutto batteri, che si localizzano in diversi distretti corporei. Tale complesso ecosistema prende il nome di microbiota umano. Si è co-evoluto con l’ospite, ed è localizzato nella cavità orale, sulla pelle e soprattutto nell’intestino. La composizione del microbiota intestinale è stata oggetto di intensi studi di metagenomica, che combinano le più moderne tecniche di sequenziamento genico con la bioinformatica. È stato così stimato che l’intestino umano è colonizzato da oltre 35000 specie batteriche. Qualitativamente esiste un ampio nucleo di specie microbiche largamente condiviso da tutti gli individui. I phyla più rappresentativi sono Firmicutes e Actinobacteria, tra i gram positivi, e Bacteroidetes e Proteobacteria tra i gram negativi.
La ricchezza del microbiota, definita sulla base di una elevata eterogeneità delle specie batteriche che lo compongono, si associa a una minor prevalenza di patologie metaboliche e, viceversa, una ridotta variabilità di specie batteriche si associa a una maggior prevalenza di malattie infiammatorie. Ma di questo parleremo nelle prossime settimane.
La composizione del microbiota intestinale è influenzata da una serie di fattori. 1) Tipo di parto. La tipologia di batteri che per primi colonizzano l’intestino è definita dalla nascita per via vaginale o per parto cesareo. Nel primo caso, si ritrovano principalmente batteri del genere Lactobacillus e Prevotella, che colonizzano la vagina materna. Nel secondo prevalgono i ceppi Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium, tipici della pelle. 2) Età. Il profilo microbico dato dal parto tende a modificarsi in maniera peculiare durante l’allattamento, a seconda che il bambino riceva latte materno o artificiale. Durante la prima infanzia la composizione del microbiota subisce importanti modificazioni, poi si stabilizza intorno ai 3 anni di vita e assume una composizione molto simile a quella dell’adulto. 3) Alimentazione. Rappresenta il principale fattore in grado di influenzare quantitativamente e qualitativamente la composizione del microbiota in età adulta. Ad esempio, un elevato apporto quotidiano di prodotti vegetali e ad alto contenuto di fibre determina una maggior ricchezza del microbiota. 4) Terapie farmacologiche. Gli antibiotici sono, come ovvio, la classe di farmaci con maggiore impatto sul microbiota. In virtù della loro azione battericida e batteriostatica, gli antibiotici producono effetti a breve e a lungo termine sulla composizione del microbiota. In particolare, l’azione degli antibiotici può condurre, attraverso la riduzione di alcuni ceppi batterici intestinali, alla perdita della rete di interazioni che si stabiliscono tra le specie colonizzanti, con conseguente creazione di un ambiente favorevole allo sviluppo di batteri patogeni. 5) Xenobiotici. Sostanze inquinanti ambientali, alle quali l’uomo è costantemente esposto, come pesticidi (organo-fosforici, glifosato), inquinanti atmosferici (PM-10), bifenili policlorurati, e metalli pesanti (mercurio, cadmio, piombo) hanno effetti negativi sul microbiota.